يتكون الهيكل التنظيمي للجامعة طبقاً لأحكام قانون رقم(1) لسنة 1375 و.ر ، ولائحته التنفيذية وتنفذ قرار 21 و 22 للعام 2008للهيكل التنظيمي للجامعات من التقسيمات التالية:
1- مجلس جامعة الكفرة
2- مكتب شؤون المجلس.
3- مكتب الشؤون القانونية .
4- مركز المعلومات والتوثيق .
5- مكتب التخطيط والمتابعة.
6- مكتب تنمية الموارد الذاتية .
7- مكتب الاستشارات الفنية .
8- مكتب التعاون الثقافي .
9- مكتب المراجعة الداخلية .
10-مكتب الجودة وتقييم الآداء .
11- مكتب الحرس الجامعي .
12- إدارة المكتبات وتضم :
أ. مكتب شؤون المكتبات والتوثيق .
ب. مكتب الطباعة والنشر والترجمة والدوريات العلمية .
